青海大学和石河子大学事实上都是地方性高校，两家高校追本溯源虽然都很早，但是发展都不是很顺利。相对来讲石河子大学早期发展要比青海大学稍好一些。解放后的*，积极开展了合资业务，同苏联合资了几家公司，主要围绕在石油、金属、民航三大领域，为*的经济发展做出了巨大贡献，由此*的经济完胜当时的青海，经济发展速度快，投入自然增加，此时的石河子大学发展确实相对较快。
石河子大学是以合并*建设兵团多所学校而组建起来的高校，是一所农、商、工、医为主多学科并进的高校；而青海大学则是以合并西宁周边多所学校组建而成的高校，主要是涉及农、医为主的高校。石河子大学涉及的学科更多，相对学校的规模也更大一些，而青海省人口本身并不多，生源基数也不大，因此相对小一些，这是两所学校最大的不同。
石河子大学的整体实力要高于青海大学一些，但是两所学校的差距其实并不是特别大。两家高校经过多次合并院校，地方和中央有多次专项投入，但是两所学校的发展速度其实都不快，经过多次评估都没有进入全国重点大学行列。后来通过兄弟高校对口支援行动，两所学校才有了质量上的大提升，经过多次磨练，两所学校才在年晋级为工程大学，属于最晚一批进入者，而且还是同期生，这些都说明两所学校有差距，相对差距并不大。
青海大学位于西宁，而石河子大学位于石河子市，从地缘上看，西宁要优于石河子市，但是两所学校都是集多地资源为一体的高校，因此相对石河子大学的项目和*策更具有优势，而且规模更大，实力更强一些。青海大学主要以农学为主，毕竟青海的工业相对不完整，而且青海人口相对少，对外交流和地缘优势也不如*明显，其高效实力相对落后一点，也是符合客观事实规律的事情！